De gemeente Stekene en het dorp Klein-Sinaai behoort tot de Noord-Vlaamse Zandstreek, meer bepaald tot het Land Van Waas. Stekene ligt op de brede as Gent/Antwerpen.
Buurgemeenten van Stekene zijn Sint-Niklaas en Lokeren in het zuiden, Hulst (NL) in het noorden, Moerbeke in het westen en Sint-Gillis-Waas in het oosten.
De grote verkeersinfrastructuren die van invloed zijn op Stekene zijn de autosnelwegen E34/N49 (Antwerpen/Gentse Kanaalzone/Kust), de E17 (Antwerpen/Gent/Kortrijk), de provincieweg N403 (Sint-Niklaas-Hulst) met verbinding naar E17 en E34. Dit is uiteraard van enorm belang voor de socio-economische situatie in Stekene.
Te Stekene kunnen er drie duidelijke kernen worden onderscheiden. De grootste kern is Stekene centrum: daar doet zich de grootste concentratie van bebouwing en inwoners voor. Ook Kemzeke is een belangrijke kern, ontstaan op de verbindingsas tussen Sint-Niklaas en Hulst. Klein-Sinaai daarentegen is een eerder kleine en vooral landelijke woonkern. Deze 3 woonkernen liggen allen ten zuiden van de E34. Toch zijn er ook een aantal entiteiten ten noorden van de E34, waaronder de Hellestraat en Nieuwdorp/Koewacht.
Er is één centrale brug over de E34 en er zijn twee voetgangers- en fietserstunnels die de gehuchten Koewacht en Hellestraat met Stekene-centrum verbinden. Toch kan niet vermeden worden dat deze gehuchten wat geïsoleerd blijven ten opzichte van Stekene-centrum.